"UTS Biomol" Oooowhh baru berasa S2 nya

Hari ini 26042014 UTS Biomol yang bikin kepala ngebul,, untung gak meledak.. mana sebelum nya PeeR menjelang UTS banyak banget, yang soal lah, yang paperlah dan smuanya di kerjakan semalam menjelang ujian (hadeehh...), Mana smalam hujan, suasana mendukung buat bobok, tambah lagi koneksi internet kalo dah hujan ngadat, makin kuat keinginan buat mengakhiri smuanya. Tapi yang namanya tugas tetap aja dikerjain, meskipun gak sempurna seratus persen (hmm,,yang salah sopo??). Akhirnya jam 02.30 dini hari tugas pun selesai, dilanjutkan baca-baca tapi tetap aja gak masuk ke otak, dan PLN emang baik, lampu di seputaran Marpoyan dipadamkan jadi ada alasan untuk tidur (Zzzzzz...)

Pagi bangun jam 05.00 langsung sholat shubuh, karena msih ngantuk tidur dilanjutkan sampai jam 07.00 padahal jam 08.00 pagi itu aku ada kuliah kimia medisinal dengan Prof. Adel,terpaksa smua pada buru2, dan ternyata benar, aku telat sampai kampus "tears".

Prof ku yang satu ini keren banget, kalo ngajar pasti dihubungkan dengan kehidupan sehari-hari jadi gak bosenin, saking asiknya lupa kalo jam 09.50 UTS Biomol dengan Prof. Titania, mana sekeliling udah gelisah, pada buka2 catatan buat dibaca, dan aku bukannya seperti itu malah harus ke Lab jemput kalkulator untuk dipinjam sapa tau ada soal hitung2 nya. heelleeehhh

Jreng..jreenngg....Ujian dimulai, Prof ku langsung memberi kertas soal ujian, pas di baca soalnya sih cuma 4 tapi lengkap dengan anak dan cucunya yang bikin aku bengong setengah hidup, apa-apaan ini? soal-soalnya diluar prediksi hoeeekkk mual,, baca soal pertama, rasa2nya bisa di jawab, soal kedua mulai ada kupu-kupu dikepala, langsung d tinggal, baca soal ke tiga malah tambah banyak kupu-kupunya dan yang terakhir malah ada kupu-kupu yang lagi brantem ama kunang-kunang tepat di atas kepala rasa mau muntah baca soalnya "sick"

Setelah jam ujian berakhir, ditandai alarm Prof ku berbunyi dan di tanya udah siap, smuanya malah gak peduli, masih sibuk dengan jawaban masing-masing, akhirnya Prof ku yang baik hati ini ngasih waktu tambahan sekitar 30 menit (ini bukan tambahan lagi tapi rampok hihihi ^_^ ). Akhirnya setelah disindir-sindir baru smua pada ngumpul, Tepaaaarrr

Sebelum kelas bubar Prof ku sempat tertawa geli dengan kalimatnya sendiri "susah ya soalnya? baru berasa jadi anak S2 yaa hihihi".... kami...eehh aku lebih tepatnya hanya bisa pasrah!!!

MuRam = Mual dan Geram

Makan malamku hari ini

Sama dengan malam kemaren

Sama pedasnya, sama kecutnya

Padahal lidahku masih kesat

 Dengan makanan dari Taluk

Tentang wakil rakyat yang sok hebat 
Bergaya seperti penakluk

Masih, dipaksa lagi untuk masuk

Makanan kecut dari Kubang
Tidak beda jauh dengan Taluk

Wanita berkelakuan binatang

Ampun!
Lambungku meronta
Asamnya bergelora
Lihat aparat setengah gila
Hingga mahasiswa meregang nyawa

Sudah terlalu banyak sampah ini tertelan
Boro-boro bikin kenyang 

Hanya sakit yang kurasakan

Mau warteg atau restoran
Semuanya sama

Menunya serupa

Tak peduli terhormat karena dipilih rakyat

Atau memang keparat sampah masyarakat
Caleg gila kehilangan harta
Partai maruk kursi kuasa
Tak ada bedanya  

Semuanya sama

Semuanya serupa 
Semua lini, hanya bikin sakit hati

Geram

Dengan capres bajingan yang dimasak di Ibu kota
Dengan koalisi murahan yang digarap demi kekuasaan
Dengan politikus setan yang diramu di Senayan
Dengan pelajar tukang tawuran yang digodok di sekolahan
Dengan calon polisi keparat yang diramu di asrama kepolisian

Dan mual,

Makan malamku hari ini

Mualku dengan itu semua
Maaf, aku sudah tidak tahan
Maaf, terpaksa aku muntahkan

TUGAS 2 BIOKIMIA MOLEKULAR

1. Jelaskan gambar 24-8 (lehninger ed 5 hal 952) atau (ed 4 hal 929) mengenai transposable element serta jelaskan juga kegunaan SSR dalam aplikasi?

Jawab:

Gambar 24-8 lehninger ed 5 hal 952 menjelaskan mengenai  jenis urutan genom yang terdapat pada manusia.

Genom merupakan perangkap lengkap suatu informasi genetik yang ada pada suatu organisme. Manusia mempunyai 23 genom, genom manusia sangat besar hingga mencapai 2,6 miliyar atau sekitar 5000 km, yang di dalamnya terdapat bermacam-macam substansi seperti 30% gen, 45% Transposon dan 25% miscellaneous.

Gambar 1. Urutan genom manusia

   A. Transposon 

       Transposon adalah DNA yang dengan sendirinya dapat berpindah-pindah tempat atau berpindah posisinya.Tranposon dapat berpindah-pindah tempatnya pada satu molekul DNA atau pada satu kromosom. Tranposon juga dapat pindah dari satu molekul DNA ke molekul DNA lainnya atau pindah dari satu kromosom ke kromosom lainnya. Karena memiliki kemampuan untuk berpindah-pindah tempat dengan sendirinya maka sering kali tranposon disebut juga dengan nama elemen loncat.

Kegunaan transposon:

1.Bila transposon menyisip pada suatu gen maka gen tersebut akan terganggu fungsinya, oleh karena itu transposon sering digunakan untuk melakukan mutagenesis sehingga menghasilkan mutan.

2.Transposon sebagai penanda suatu sel, misalnya transposon pembawa gen resisten terhadap antibioktik, maka kita dapat menandai suatu strain bakteri dengan menyisipkan gen resisten terhadap antibiotik, maka untuk menyisipkannya digunakan transposon

Gambar 2. Transposon sebagai penanda

Transposon terdiri dari 3 yakni:

• LINEs (long interspersed nuclear elements) terdiri dari 6000-8000 pb dan  terdapat reverse transcriptase seperti gen yang mungkin termasuk dalam proses retrotransposisi.

• SINEs (short interspersed nuclear elements) terdiri dari 100-300 pb dimana tidak memiliki reverse transcriptase gen tetapi terdapat transpose, kemungkinan diperoleh dari enzim reverse transcriptase yang didapat dari retroelement yang lain.

•  Retroviruses sebagai elemen transposable

Retroviruses pertama kali diidentifikasi 80 tahun yang lalu sebagai agen yang terlibat dalam kejadian penyakit Kanker. Informasi terkini menyatakan bahwa epidemi AIDS terjadi akibat HIV retrovirus. Pada permulaan 1970an, ditemukan retrovirus yang memiliki kemampuan menggandakan RNA genomnya dengan mengkonversi RNA menjadi DNA yang lebih stabil dalam mengintegrasi dengan DNA inangnya. Hal ini hanya merupakan perbandingan bahwa retrovirus telah dikenal sebagai bentukan khusus dari transposon eukariot. Pengaruhnya sebagai transposon yang berpindah melalui intermediet RNA biasanya meninggalkan sel inangnya dan menginfeksi sel yang lain. Bentukan DNA terintegrasi (provirus) dari retrovirus menunjukkan kesamaannya dengan ciri-ciri transposon.

Siklus transposisi dari retrovirus memiliki kesamaan lain dengan transposon prokariot, yang menujukkan adanya hubungan kekerabatan antara kedua tipe transposon ini. Fase penting dalam transposisi retrovirus adalah molekul DNA extrachromosomal DNA. Ini terjadi melalui penggandaan RNA dari partikel virus menjadi DNA melalui polimerase yang disandikan oleh retrovirus atau yang disebut kenal dengan reverse transcriptase.

   B.  Gen 

         Didalam gen terdapat 28,5 % intron dan segmen non coding dan hanya 1,5% exons

Fungsi intron: intron lebih panjang dari pada exon sehingga jumlahnya sangat banyak, intron tidak memilki fungsi yang spesifik, yang merupakan bagian yang tidak berkode dari precursor mRNA (pre-mRNA), yang dibuang sebelum mRNA siap ditranslasi. Ketika intron telah dibuang dari pre-mRNA, hasilnya adalah exon, bagian mRNA yang berkode

Fungsi exon : jumlah nya sangat sedikit yaitu hanya 1,5 % dari total 30% gen dan exon lah yang ditranslasi menjadi protein

   C.  Miscellaneous

Terdiri dari :

• 3% SSR, yaitu urutan DNA yang selalu berulang, umumnya kurang dari 10 pb panjang diulang jutaan kali per sel. SSR disebut juga  DNA satelit, dinamakan demikian karena komposisi dasar yang tidak biasa sering menyebabkan itu untuk bermigrasi sebagai "satelit" band (terpisah dari sisa DNA) ketika sampel DNA selular terfragmentasi dan tersentrifugasi dalam sesium klorida. Studi ini menunjukkan bahwa elemen ini tidak mengkode protein atau RNA.. karena disebut satelit maka segmen DNA yang berisi daerah pengulangan yang berurutan yang terbuat dari pengulangan pendek, biasanya mono-, di-, tri-, atau pengulangan tetranucleotide. Biasanya disebut pengulangan pendek secara tandem.

• 5 % SD  : Duplikasi segmental adalah daerah yang awalnya diidentifikasi dalam Proyek Genom Manusia sebagai blok yang panjang dan diulang

• 17 % zat yang belum diketahui : 50-kb segmen genom manusia terbuat dari streches of non genic, non-repetitive, single-copy DNA yang tidak diketahui fungsinya

Gambar 3. Segmen genom manusia

Aplikasi SSR atau Simple Sequence Repeats.

Dalam bidang genetika manusia, khususnya dalam aplikasi di bidang kedokteran forensik, mikrosatelit dikenal sebagai STR atau Short Tandem Repeats. Mutasi dapat terjadi terhadap banyaknya pengulangan ini sehingga muncul variasi panjang pengulangan di dalam individu-individu dalam suatu spesies. Variasi ini membuat mikrosatelit dapat digunakan sebagai penanda genetik. 

Fungsi vital mikrosatelit masih diperdebatkan orang. Gejala pengulangan ini dapat dijumpai pada semua kelompok organisme hidup, termasuk bakteri. DNA plastida dan mitokondria pun memilikinya, sehingga mikrosatelit dianggap sebagai relik evolusi dari masa lalu. Secara logis, mikrosatelit dapat dianggap sebagai "alat keamanan" apabila terjadi kesalahan dalam proses transkripsi. Banyak mikrosatelit terletak pada bagian gen yang disebut intron, yang pada tahap pascatranskripsi akan dibuang, atau pada bagian nontranskripsi (junk DNA). Dengan demikian, transkripsi akan mengurangi jumlah protein yang tidak berfungsi akibat kesalahan pembacaan. 

Mikrosatelit SSR sebagai penanda genetic 

Karena terdapat variasi dalam cacah pengulangan motif (polimorfisme), dan cacah ini tetap untuk setiap individu atau populasi/kultivar tertentu, mikrosatelit dapat dipakai sebagai penanda genetik. Mikrosatelit sangat berlimpah dalam suatu genom, meskipun hanya sedikit dijumpai pada genom prokariota. Suatu gen dapat memiliki lebih dari dua mikrosatelit. 

Sebagai penanda, mikrosatelit bersifat kodominan dan dapat diketahui lokasinya pada DNA. Dengan demikian, SSR sesuai untuk mendeteksi heterozigositas. Pemanfaatannya tidak memerlukan waktu lama (dua hari). Karena berbagai keuntungan ini, mikrosatelit disukai sebagai penanda. 

Mikrosatelit merupakan penanda berbasis PCR, sehingga memerlukan primer. Pembuatan primernya memerlukan informasi urutan basa sebelum dan sesudah mikrosatelit. Bangunan primer ini menjadikan penanda mikrosatelit dapat dilacak posisinya dalam suatu genom namun menjadikannya bersifat spesifik spesies (sukar dipertukarkan antarspesies) karena urutan basa yang mengapit mikrosatelit berbeda-beda untuk setiap spesies

2. Jelaskan siklus hidup virus RNA dan Retrovirus 

    Jawab: 

Virus RNA adalah kelompok virus yang menyimpan informasi genetik di RNA (asam ribonukleat), bukan DNA (asam deoksiribonukleat) seperti pada umumnya organisme lain. Hal ini memiliki konsekuensi penting dalam siklus hidup virus dan memberikan potensi untuk mengecoh sistem kekebalan tubuh. Penyakit utama yang disebabkan oleh virus RNA termasuk influenza, hepatitis C dan polio. 

Retrovirus berbeda dengan virus RNA karena memasukkan ke dalam genom genom inang. Dengan cara ini, retrovirus menjadi bagian dari sel. Cara kerjanya yaitu dimana virus ini mempunyai genome yang terbuat dari RNA dan organisasi genetik. RNA virus tertentu yang menginfeksi sel mamalia, memiliki enzim yang disebut reverse transkriptase. Pada saat infeksi, genom virus yang berbentuk RNA rantai tunggal (∼10.000 nukleotida) dan enzim tersebut masuk ke dalam sel inang. Pertama, reverse transkriptase mensintesis rantai DNA yang komplemen dengan RNA virus sehingga terbentuk hibrida DNA-RNA. Kemudian rantai RNA didegradasi dan diganti dengan rantai DNA, sehingga terbentuk DNA untai ganda (Gambar 4). 

DNA untai ganda ini sering diintegrasikan ke genom inang. Sehingga gen-gen virus yang sudah terintegrasi ini kemudian dapat di aktivasi dan ditranskripsi sehingga menghasilkan protein-protein virus untuk membuat virus baru. Virus RNA yang mengandung reverse transkriptase di kenal dengan nama retrovirus.

Gambar 4 . Mekanisme infeksi retrovirus

Apa yang terjadi jika terinfeksi retrovirus? Lihat gambar 5

Gambar 5. Mekanisme pengiriman asam nukleat oleh retroviral

 

Setelah penyerapan reseptor-dimediasi, partikel retroviral dapat memberikan tiga bentuk informasi genetik

1. jika transkripsi balik tidak terjadi, mRNA dapat dikenakan terjemahan langsung
2. jika integrasi diblokir, lingkaran episomal dapat dihasilkan yang dapat bertahan dalam sel non-membagi 
3. jika semua langkah dari proses transduksi retroviral selesai, DNA beruntai ganda terintegrasi dalam kromosom sel. PBS, penghapusan / mutasi dari PBS, att, penghapusan / mutasi att, RNAPII, RNA polimerase II

Rabu 020414

Hari ini tepat 2 minggu yang lalu kita berjumpa untuk pertama kalinya di tahun 2014. Entah apa yang ada difikiranku saat itu hingga begitu besar keinginanku untuk bertemu. Yah,, sangat ingin bertemu denganmu, hingga tak ada alasan bagiku untuk menolaknya.

Banyak sekali hal yang ingin ku ketahui tentangmu, tentang kabarmu, tentang pekerjaanmu, tentang keluargamu, bahkan tentang hatimu. Tapi semua sirna, smua hilang begitu saja saat dekat denganmu, nyaman sekali saat merangkulmu dari belakang dan mencium wangi tubuhmu,  darimu yang takkan pernah kulupa adalah celoteh yang membuatku jengkel tapi ku rindukan, yang membuatku marah tapi ku harapkan. 
Jika kau berfikir aku gila... Yaa,, mungkin kau benar, aku benar2 gila olehmu... Hanya bersamamu aku gila.. Dan untuk pertama kalinya, hal tergila yang kulakukan adalah bersamamu hari itu.

Maaf,,,
Maaf jika aku mengecewakanmu, maaf jika aku tak seperti yang kau harapkan, tapi sungguh hanya bersamamu aku senang...
Trimakasih masih mengingatku, trimakasih telah menemuiku, satu hal yang ingin kutanyakan sebelum kita berpisah adalah : Bisakah kita mengulanginya lagi??

REPLISOME (DNA REPLICASE SYSTEM)

Komponen-komponen protein yang berperan pada replisome yaitu:

1.        Helikase

Enzim helikase pertama kali diperkenalkan oleh Malcolm L Gefter dan kawan-kawan dari Massachusetts Institute of Technology (MIT) tahun 1975. Mereka menemukan bahwa pada proses replikasi DNA bakteri Eschericia coli, selain enzim polimerase yang berfungsi membentuk rantai DNA baru, ada lagi enzim yang berperan memisahkan pasangan rantai DNA yang diberi nama helikase. Enzim ini berfungsi memisahkan pasangan rantai induk DNA untuk selanjutnya diproses dan juga pasangan induk dan anak DNA yang tersintesis atau membuka rantai DNA sehingga terbentuk garpu replikasi. 

Helikase berasal dari kata “helic” yang berarti struktur pasangan DNA “double helic” dan “ase” yang berarti enzim. Sehingga “helicase” berarti enzim yang memisahkan pasangan rantai DNA atau RNA, yang masing-masing kemudian diberi nama DNA helikase atau RNA helikase

2.        Topoisomerase

Topoisomerase dibutuhkan untuk banyak proses yang melibatkan DNA, seperti replikasi DNA dan transkripsi. Enzim ini bekerja spesifik  untuk memutar ikatan double heliks DNA, Pemisahan untai DNA dimulai dengan enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan 2 untai DNA. Jika pilinan pertamanya terlalu kenceng ada enzim topoisomerase yang motong sementara ikatan hidrogen pada salah satu / kedua untaian DNA, trus diputer hingga ketegangan pilinannya berkurang. 

3. Protein Pengikat DNA untai tunggal = SSB

Berfungsi untuk melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi atau sesuai dengan namanya (single binded) supaya tidak berikatan lagi

4. Primase 

Fungsinya yaitu enzim yang bekerja mengawali terjadinya replikasi dan untuk membuat RNA primer sintesis,

karena DNA polymerase tidak bisa mensintesis tanpa ada primer.

5. Ligase 

Enzim ligase berfungsi menggabungkan kembali DNA yang telah dipotong atau patah (okazaki fragment)

Ligase sangat penting dalam replikasi DNA untai tertinggal, karena mereka bergabung dari segmen pendek 

DNA yang dihasilkan pada garpu replikasi ke dalam salinan lengkap dari template DNA. Mereka juga 

digunakan dalam perbaikan DNA dan rekombinasi genetik.  

Pada awal replikasi, enzim topoisomerase memutar pilinan rantai DNA yng double heliks. putaran ini berfungsi untuk meluruskan rantai DNA. Jadi topoisomerase yang berfungsi untuk meluruskan. setelah lurus, maka datanglah enzim helikase. enzim ini membuka pilinan rantai ganda DNA dengan cara pemanasan (denaturasi) selanjutnya diselubungi oleh protein pengikat untai tunggal atau single-stranded binding protein (Ssb) untuk melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi. Enzim DNA primase kemudian akan menempel pada DNA dan menyintesis RNA primer yang pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis pada untai pengarah. Pada saat terbukanya garpu replikasi ini, terbentuklah 2 macam replikasi, yakni Leagging strange dan Leading strange. Leagging strange merupakan replikasi yang continue (tidak terputus-putus) sedangkan leading strange merupakan replikasi yang discontinue (terputus-putus membentuk sebuah fragmen. Fragmen ini dinamakan fragmen okazaki),  setelah itu, datanglah enzim primase, enzim ini berfungsi sebagai awalnya dimulai replikasi yang memulai replikasi ini adalah DNA polimerase. DNA polimerase ini juga terdiri dari 3 jenis dan memiliki fungsi yang berbeda juga, namun yang akan digunakan dalam replikasi ini adalah DNA polimerase 1. DNA polimerase ini akan membentuk DNA baru (dana anakan) DNA anakan inilah yang disebut dengan mRNA untuk leading strange, terdapat fragmen okazaki. fragmen okazaki ini kemudian disambung dengan menggunakan enzim ligase, setelah terbentuk mRNA maka protein yang terdapat di pinggir DNA kemudian terlepas satu persatu dan DNA kemudian terpilin kembali.